本院創立於民國35年，源系北平空軍醫院，於民國37年12月撥遷來台，於現址與前台灣空軍療養所合併，改編為台中空軍醫院。
走過一甲子、在地服務中部地區軍、民身心健康，醫院名稱歷經「國軍第八一六醫院」、「國軍臺中總醫院中清院區」，於民國92年6月國內外爆發SARS疫情之際，受命國家徵召，改建為SARS專責醫院，安定當時中部地區因疫情緊張的民心。
在太平總醫院積極規劃下，103年起分院擴大服務，深耕社區，於民國104年01月01日正式更名為國軍臺中總醫院中清分院，以發展骨科特色及社區醫療為主軸，提供24小時內、外科急診服務。由太平總院各科別的醫師團隊進駐，並與台中榮民總醫院醫療合作，醫學中心級醫師進駐支援門診，提供科別完整、陣容堅強的醫療服務，致力本院願景:成為「軍民健康促進的守護者、值得信賴的好厝邊」。